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  • 如何使用Shapeit2对人类基因组数据进行phasing

    SHAPEIT(2.0)是专门用于对推断基因组单体型的软件,有牛津大学的团队所开发,并且一直应用与千人基因组计划中。 以下,我将记录如何通过shapeit2对人群的变异数据集(VCF 格式)进行phasing,并构造出reference panel的过程。 首先,准备文件。整个过程只需要变异数据集(VCF 格式),样本信息文件(sample.fam),genet ...

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    作者:解螺旋的矿工 | 分类:生物信息学 | 阅读:1,125 | 标签: